一种时钟驯服方法、时间码监测装置及时间同步系统，该时钟驯服方法，包括：获取预设时间段内每个采样时刻的第三钟差序列；对预设时间段内每个采样时刻的第三钟差序列进行异常值剔除与滤波，得到钟差调整信息；基于钟差调整信息，得到本地频率基准源与频率参考中心之间的频率偏差量；根据频率偏差量，得到本地频率基准源的频率调整量；将频率调整量发送至本地频率基准源以用于控制本地频率基准源实现对本地基准信号的调整。通过本发明实施例提供的时钟驯服方法，可减弱卫星系统、环境多路径的影响，实现低抖动、长间隔数据对时钟驯服，提高稳定度和精确度。