本发明提供一种CT扫描系统、方法、电子设备及存储介质，涉及CT扫描技术领域，S101，确定CT系统的同步脉冲；S102，根据所述同步脉冲分频得到等时扫描脉冲，使CT系统同步联动；S103，设置数据采样时间和运动参数，根据运动参数计算得到扫描准备时间，根据所述扫描准备时间和等时扫描脉冲得到规划扫描控制时序；S104，根据所述规划扫描控制时序采集带时间戳的图像数据和扫描床位置数据；S105，按所述时间戳对所述图像数据和所述扫描床位置数据进行合并，并将合并后的数据进行后续处理得到CT扫描图像。该CT扫描系统和方法改善了现有技术中CT系统综合故障率较高、设备维护成本较高且改善了由运动控制误差带来的图像质量问题。