本发明公开一种用于面源污染防控的自适应农田用节水灌溉排涝系统，包括蓄水机构、导水机构和护坡单元；蓄水机构包括两个主坝和两个隔断坝；两个主坝相对设置；主坝分别与两个隔断坝的一端固接形成一个密封腔体；主坝的靠近密封腔体的侧面固接有防水层，且主坝的侧面开设有若干导水槽；导水槽两端分别贯穿主坝的相对侧面；导水槽内固定安装有阀门单元；防水层靠近密封腔体的一侧贴合有护坡单元；主坝底面固接有农田；农田内设置有若干蓄水池；蓄水池通过导水机构与密封腔体相连通。本发明能够使农田的降水得到有效的利用，综合平衡农田内的旱涝墒情，降低降水的面源污染。