本发明公开了一种医疗图像标注多版本管理的方法，包括：接收第一用户上传的第一医疗图像数据集；对第一医疗图像数据集执行全流程标注处理，并将每个流程节点完成后所产生的数据转换为树对象文件，结合预设的SHA－1算法，对每个树对象文件的存储地址和文件内容进行计算，生成每个流程节点各自对应的一个或多个哈希值，并为每个哈希值配置对应的一个版本号；根据输入的操作指令，结合各流程节点对应的哈希值和版本号，对第一医疗图像数据集进行版本管理。本发明对医疗图像标注的过程进行存储，并可以通过作为唯一标识的哈希值回溯至标注过程中的任意版本，从而精准定位问题所在，避免图像标注记录的流失。