本发明涉及眼部视频图像识别处理技术，具体为基于眼表染色视频图像中目标区域的识别方法及系统，其方法包括：采集目标对象的眼表染色视频图像和眼部体检数据，提取眼表染色视频图像的关键时间点；以目标对象的眼部体检数据为分类依据，对目标区域对应的图像数据进行映射，以所提取的关键时间点作为主要特征标签，将训练集样本输入至已初始化的神经网络模型中进行训练，根据训练结果调试神经网络模型参数至最优，得到目标区域识别模型；将获取的待识别的眼表染色视频图像输入至目标区域识别模型，确定待识别视频图像中目标区域的最终视频特征。本发明解决了缺少利用荧光素染色眼表视频数据作为识别手段以确定用户眼健康指标数据的问题。