基于无线通信的变频流量控制的差动保护方法及系统，基于GPS系统对时，差动保护装置的发送侧和接收侧同时于每个整秒时刻采集电气量，并且每个采集时段内的采样频率为N；线路未故障，发送侧以频率1Hz向接收侧发送心跳报文；线路故障期间，发送侧以频率N向接收侧连续发送故障报文；每个故障报文包括一个对应一组发送侧电气量数据采样序号；接收侧在历史数据缓存区内获取与该采样序号对应的一组接收侧电气量数据；利用发送侧和接收侧电气量数据进行差动保护判断。本发明简化数据格式、提高报文效率、优化差动保护逻辑，大幅降低数据流量，保证差动保护性能，解决无线通信时差动保护业务数据量大的问题。