一种医疗废物分离处理系统，包括壳体，壳体上方设有固定连接的承接废料的承料口，承料口上一侧设有转动连接的电控出料口，壳体在靠近电控出料口位置开设有通过废料的进料口，壳体在承料口下方固定连接有装有消毒液的消毒水箱，进料口下方设有破碎桶，消毒水箱外固定连接有能够输送消毒液的消毒液管，消毒液管一端设于破碎桶上方，壳体内在进料口下方设有支撑座，支撑座另一端固定连接在壳体上，支撑座内固定设有电机，电机上固定连接转轴，转轴在破碎桶中转动，破碎桶后方设有由第二电控杆和第二支杆支撑转动的回收风箱，支撑座和回收风箱之间设有固定连接在壳体内的纱布箱，回收风箱后方设有承接废水的废水箱。