本发明涉及一种从丁二酸结晶滤液中分离提取苹果酸的方法，所述方法包括如下步骤：(1)催化加氢法生产丁二酸过程中经结晶过滤后得到的丁二酸结晶滤液作为原料；(2)将步骤(1)结晶滤液经过滤预处理，去除不溶杂质，得到澄清滤液；(3)将步骤(2)澄清滤液通入装有吸附材料的层析柱中，苹果酸被吸附在吸附材料上，再通入洗脱剂将苹果酸洗脱下来，收集苹果酸溶液。(4)将步骤(3)苹果酸溶液经结晶、过滤、干燥，得到苹果酸产品。本发明提供的方法是利用不同有机酸在固定相和流动相中的分配系数不同，分离提取苹果酸，分离效果好、操作简单、环境友好、综合成本低。