本发明涉及沙棘果渣中天然抗氧化生物碱的分离技术领域，具体涉及沙棘果渣中天然抗氧化生物碱的定向分离方法及其应用。其制备方法：提取、大孔树脂除杂、聚酰胺树脂柱富集、反相液相色谱分离及反相制备液相色谱纯化五个步骤。本发明成本低廉、产品纯度大于95％；本发明采用的技术手段可进行规模化生产：原料要求不高、成本低廉，易于批量备料；乙醇超声提取，易操作；分离采用聚酰胺树脂柱粗分，该树脂分离材料可以装于中压柱层析系统中，易于规模化；分离纯化中使用的制备液相色谱，为快速的等度方法。