本发明涉及环保型先进有机硅材料技术领域，公开了一种水性有机硅长效防护涂料及其制备方法与应用。首先在氮气保护下引入除水剂二甲基二烷氧基硅烷，制得催化剂碱胶，然后用其催化有机硅环体和氨基硅烷偶联剂热聚合反应、高温真空脱低，加入烯丙基环氧基封端聚醚继续反应，再高速搅拌下缓慢加入含银的水分散混合液以及还原性酸，得到稳定的含银的氨基聚硅氧烷乳液A；另将甲基含氢聚硅氧烷分别在Karstedt催化剂、含P或/和S的无机酸抑制下制得稳定的改性甲基含氢聚硅氧烷乳液B；最后将A、B和甲基硅酸盐水溶液按比例混合均匀，在多孔基材表面上涂覆或抛光，室温自然固化，得到具有优异的抗菌耐久性和防污功能的表面防护涂层。