本发明涉及一种秸秆发酵复合菌制剂及其制备方法，秸秆发酵复合菌制剂包括以下组分：枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、假单胞杆菌和植物乳杆菌，复合而成。本发明得到的秸秆发酵复合菌制剂的原料来源广泛，生产成本低，木质纤维降解率高；菌剂密度高，施用后可促进作物生长；解决了秸秆的转化利用问题；试验表明，施用一周之内就能农作物秸秆完全分解，表现为农作物秸秆腐解变黑，呈腐熟状态；在此过程中，将秸秆内的营养物质裸露，为后期作物的生长提供养分，维持和提高土壤肥力；整个处理时间短、工程量小，完全不影响下茬作物的种植和移栽；且提高了土壤有机质的利用率，改善了土壤的理化性质，降低农民生产成本，增加经济收入。