本发明公开一种多层倾斜煤层采空区治理方法，包括如下步骤：步骤A：确定采空区治理范围；步骤B：在所述采空区治理范围的地面上，布置注浆孔，两个或两个以上的所述注浆孔沿倾斜煤层的倾向布置；步骤C：准备注浆材料；步骤D：钻探与注浆配合作业：根据布置的钻孔进行钻探作业，当所述分支孔钻探至第一层所述倾斜煤层采空区时，停止钻探作业，进行注浆；第一层所述倾斜煤层采空区注浆完毕，且待所述注浆材料凝固形成充填体后，继续钻探穿过所述充填体使所述分支孔进入下一层所述倾斜煤层采空区，并进行注浆。本发明可实现安全快速充填多层倾斜采空区，适用于治理多层倾斜煤层采空区，降低地质灾害的风险。