本发明公开了一种主机双惰化管路系统，涉及船舶发动机控制系统技术领域。包括主机控制阀系统、惰气吹除阀系统一以及惰气吹除阀系统二，主机控制阀系统由燃料供给管、燃料返回管、喷嘴主体、液池、泄放斜管、喷嘴返回管、喷嘴供给管、控制阀一、燃料旁通管、控制阀二、控制阀三以及控制阀四组成，燃料供给管通过控制阀一与喷嘴主体相连通。通过设置主机控制阀系统、惰气吹除阀系统一以及惰气吹除阀系统二，该主机双惰化管路系统具有双惰气吹除阀系统，在一路发生故障时，另一路为备份，相互配合，保证了主机控制阀系统的正常运行，双控制阀五截止泄放并通过差压传感器进行差压监控，可及时发现燃料泄漏并进行安全泄放，使用更加安全。