本发明公开了一种生态保护红线本底调查的方法及装置，所述生态保护红线本底调查方法包括：获取调查区域的基础资料；调查人员使用调查终端，分别传送至各个调查项目所对应的信息收集端；将多个信息收集端收集结果与生态保护红线相关数据资料进行同类信息对比；服务器终端采集、汇总、识别对比结果；所述生态保护红线本底调查装置包括：信息获取模块；请求触发模块；发送模块；接收模块；服务器模块、统计模块、输出模块。本发明能够大幅度降低调查人员的劳动强度，提高调查结果的准确性，能够通过汇编现有资料、提炼指标、开展调查、获取现场数据，专项研究，提升生态保护红线的精细化管理水平。