本发明公开了一种共轨柴油机轨压控制方法、系统、共轨柴油机及存储介质，包括：高压油泵模型：根据高压油泵结构和柱塞泵脉冲式泵油的特征及其进油比例阀的特性，建立高压油泵供油规律模型找出高压油泵出油流量和压力的变化关系；喷油特性模型：根据柴油机转速、扭矩等外部需求及柴油机本身的基本参数，建立共轨管出油规律特性模型；共轨管油量平衡模型：根据油量平衡法共轨管进油规律和出油规律尽可能的相平衡即可抵消系统本身的扰动对轨压的影响，通过调节共轨管的进油规律以适应共轨管出油量的变化来控制轨压波动。本发明解决了大部分轨压控制算法都不能通过参数优化实现的轨压控制过程中系统本身引起的轨压波动。