本发明涉及一种混合型电池系统及其剩余电量估计方法，包括若干串联的磷酸铁锂电池，还包括至少一串三元电池，所述三元电池与磷酸铁锂电池串联设置；所述剩余电量估计方法包括：获取三元电池初始SOC和磷酸铁锂电池初始SOC，并基于所述三元电池初始SOC修正磷酸铁锂电池初始SOC，获得磷酸铁锂电池第二初始SOC；采用基于三元电池的电池模型法修正电流积分过程中的系数，提高磷酸铁锂电池的SOC估算精度。与现有技术相比，本发明具有SOC估计精度高等优点。