本申请公开了一种区域综合能源系统的能效评估方法，包括将综合能源系统依据功能分成若干环节，确定区域综合能源系统能量输入和负荷需求；建立综合能源系统各环节的能源利用效率指标计算模型以及效率指标计算模型；确定系统的能效评估参数；获取运行数据；计算系统各环节的能源利用率和效率；确定指标的第一权重和第二权重；将第一权重和第二权重耦合计算得到综合权重；利用综合权重进行系统整体以及各环节的能效评估。本发明在建立区域综合能源系统综合能效指标体系的基础下，对各指标的综合权重进行计算，在此基础上建立了区域综合能源系统综合能效评价模型，为后期制定综合能源系统能效水平提升的运行策略提供依据。