本发明公开了一种适用于柔性直流输电系统小扰动的建模方法及系统，属于电力系统技术领域。本发明方法包括：将电网小扰动分析程序进行改造，增加用户输入电力网络和元件线性化模型的子程序；确定电网中柔性直流输电系统的重要环节，选择柔性直流输电系统的部分环节进行线性化处理，并建立重要环节中的元件线性化方程；联立柔性直流输电系统和电网其余部分的线性化方程，搭建全网小扰动模型，进行全网的小扰动分析，获取小扰动分析结果；将小扰动分析结果与电磁暂态仿真结果进行对比，验证小扰动模型，若小扰动分析结果符合柔直电磁暂态仿真曲线低频段的特征频率和阻尼，则建模成功。本发明简便实用、有良好的推广应用前景。