本发明公开了一种用于核查自动化检定系统的方法及系统，属于系统自动控制技术领域。本发明方法，包括：将核查自动化检定系统的核查成本最小及检定效率最大，作为目标建立核查最优频次数学模型；对最优频次核查数据模型求解，确定最优求解方案；根据最优求解方案，确定待核查的自动化检定系统的最优核查方案，并以最优核查方案对待核查的自动化检定系统进行期间核查。本发明在保证自动化检定系统检定效率最大及核查综合成本最小两个方面，确定检定系统最优的核查频次，为自动化检定系统的智能运维提供理论依据和参考。