本发明提供一种加工位置补偿方法，包括预设加工装置的复合角度；计算B轴旋转后X轴方向的第一差异值及Z轴方向的第二差异值；计算治具旋转中心在X轴方向的第一偏差值及A轴在Y轴方向的第二偏差值；计算B轴在Y轴方向上的第三偏差值及在Z轴方向上的第四偏差值；根据第三偏差值与第一差异值之间的差值确定治具旋转中心在Y轴方向上的第五偏差值；根据第四偏差值与第二差异值之间的差值确定治具旋转中心在Z轴方向上的第六偏差值；及根据第一偏差值、第五偏差值、第六偏差值与治具旋转中心的坐标确定物料的加工位置的补偿坐标。本发明还提供一种电子装置及存储介质。本发明可以对物料的加工位置进行补偿，以提高加工质量。