本发明公开了一种柔性直流换流阀功率模块的旁路控制系统及方法，旁路控制系统包括阀控模块以及多个包括功率模块控制单元、旁路控制单元和旁路开关单元的功率模块；阀控模块用于向待控制功率模块和辅助控制功率模的功率模块控制单元发送旁路控制信号；待控制功率模块和辅助控制功率模块的功率模块控制单元用于将旁路控制信号发送至待控制功率模块的旁路控制单元；待控制功率模块的旁路控制单元用于根据旁路控制信号生成开关触发信号并发送至本模块的旁路开关单元；待控制功率模块的旁路开关单元用于根据开关触发信号将本模块从主回路中切除。本发明能在故障功率模块的控制信号丢失时，由另一个功率模块传输控制信号，将故障功率模块从回路中切除。