本发明涉及一种维生素B2发酵过程废水的处理工艺及系统，属于废水处理技术领域。包括以下步骤：步骤（a），将维生素B2精制过程得到的废水采用粗过滤的方法去除较大的悬浮物、菌种；步骤（b），将步骤（a）中得到的废水中加入絮凝剂进行絮凝处理；步骤（c），将步骤（b）中的废水进行超滤膜进行过滤，将絮凝体和大分子物质去除；步骤（d），将步骤（c）中得到的废水通过纳滤膜进行浓缩；步骤（e），步骤（d）中得到的纳滤膜清液送入生化处理工序，得到的纳滤膜浓缩液干燥后得到维生素B2。一方面可以回收废水中的维生素B2，另一方面使废水达标排放。