本发明公开了一种安全模式配置方法、装置、系统和计算机可读存储介质，涉及移动通信技术领域。安全模式配置方法包括：获取核心网发送的完整性保护算法和加密算法、原始密钥以及核心网的运营商标识，核心网为第一运营商或者第二运营商的核心网，并且第一运营商和第二运营商在共建共享基站中使用同一共享载波；根据运营商标识，确定用户所属运营商预设的密钥生成算法；根据密钥生成算法、以及原始密钥，生成用户的完整性保护密钥和加密密钥；向用户的终端发送安全模式命令，其中，安全模式命令包括利用用户的完整性保护密钥加密的校验信息、以及完整性保护算法和加密算法，终端具有用户所属运营商预设的密钥生成算法。