本发明提供了一种基于DNA分子组装纳米图案的方法，包括以下步骤：步骤一、在载玻片上通过聚乙二醇添加生物素，形成生物素层；步骤二、培育出可折叠和展开的发夹式DNA，所述发夹式DNA的形态在折叠和展开之间变化，将发夹式DNA转移到生物素层上；步骤三、根据预设的纳米图案，确定生物素层上每个目标点的位置，寻找每个目标点内唯一处于折叠态的发夹式DNA，并使其处于永久折叠状态；步骤四、在处于永久折叠状态下的发夹式DNA上添加纳米颗粒，最终得到预期的纳米图案。本发明的方法可以实现百纳米以内的分辨率设计，为纳米图案、纳米尺寸功能器件的制备提供了一种廉价的、简单的方法。