本发明涉及一种涡轮叶尖间隙主动控制方法、系统和航空发动机，其中涡轮叶尖间隙主动控制方法包括：接收输入参数，基于输入参数计算高压涡轮的流量、高压涡轮的间隙泄漏量和高压涡轮的效率中的至少一个；选择高压涡轮的流量、高压涡轮的间隙泄漏量和高压涡轮的效率中的至少一个构造优化目标，根据最优控制理论计算发动机的作动系统的位置指令值；和根据计算出的位置指令值驱动作动系统动作以调整涡轮叶尖间隙的大小。本发明采用间接的监测方法，可以降低叶尖间隙的控制难度，有效减少气流泄漏并防止碰磨的发生，提高发动机运行安全性，降低耗油率，延长发动机的服役寿命。