本发明公开了一种主动配电网故障恢复方法和系统，方法包括S1，根据指定配电区域的当前累积降雨量以及未来预设时段的气象预测信息，并结合配电区域的历史洪涝灾害数据，输出配电网受灾影响概率分布数据；S2，对配电网受灾影响概率分布数据进行处理，去除受灾损毁概率大于阈值的设备或台区后，输出更新后的配电网故障网络拓扑；S3，通过更新后的配电网故障网络拓扑确定开关通断状态后，控制SOP和MT对负荷进行恢复供电，使得负荷恢复量最大，电压不平衡量最小。通过气象预测获得受灾概率分布，去除不在恢复范围的设备，通过控制SOP和MT实现供电恢复。