本发明公开了一种基于粒子漂移的粒子分选方法及系统，包括如下步骤：步骤1：获取分类粒子中目标粒子的标定飘移电压，并将标定飘移电压与预设飘移电压进行比较，若标定飘移电压小于预设飘移电压，则执行步骤2，反之，执行步骤3；步骤2：进行飘移电压修正，直至标定飘移电压大于预设飘移电压；步骤3：将分类粒子注入至第一微流控芯片内，并按照预设飘移电压对至第一微流控芯片施加飘移电压；步骤4：收集飘移后的飘移粒子，并进行二次分选，通过对第一微流控芯片施加一个预设飘移电压，使得分类粒子中小于目标粒子标定飘移电压的需要分离的粒子受到预设飘移电压的外力，在第一微流控芯片内发生偏移，实现对部分需要分离的粒子进行预先处理。