本发明属于光发酵生物制氢技术领域，具体涉及一种折流板式加磁光生物制氢反应器及光发酵制氢工艺。所述折流板式加磁光生物制氢反应器包括反应器本体、顶盖和底板；反应器本体的左侧壁设有进料管，反应器本体的右侧壁设有出料管；反应器本体顶端和底端均开口，且顶盖与反应器本体顶端可拆卸连接，底板与反应器本体底端可拆卸连接。本发明还提供了利用所述折流板式加磁光生物制氢反应器进行的光发酵制氢工艺。本发明通过对光发酵产氢的生物反应器进行改进，增大反应器的采光面积，并利用磁生物效应提高微生物光发酵产氢过程中的代谢程度，最大限度地提高制氢效率，显著提高光发酵生物制氢过程中的产氢效率。