本发明公开了一种高产高纯度异麦芽酮糖的重组谷氨酸棒杆菌及其应用，属于代谢工程和发酵工程领域。本发明通过在谷氨酸棒杆菌中表达异麦芽酮糖合成酶，所述异麦芽酮糖合成酶的编码基因序列如NCBI Gene ID:AY223549.1所示，并在表达载体多克隆位点处引入信号肽序列(SEQ ID NO.1)，比较发现本发明重组菌是在目前报道的工程菌中异麦芽酮糖得率和纯度同时最高的，实现在以糖蜜为出发能源的基础上不影响谷氨酸棒杆菌生长情况的同时也提高了异麦芽酮糖的产量。