本发明公开了一种基于寡核苷酸链杂交标记的高通量单细胞测序方法。本发明基于该寡核苷酸链杂交标记的高通量单细胞转录组或染色质可及性测序方法能够一次性标记并获得从上万个到百万级别的单细胞或单细胞核的特异性转录组信息或染色质开放区域基因组信息。由于在多段barcode标记的步骤仅依靠核酸杂交，中间步骤没有使用包括T4连接酶在内的任何连接酶，而是在最后合成完整DNA链时一步聚合连接所有缺口和双链，扩大实验规模只耗费常规盐离子杂交液不耗费酶，因此大大降低了大规模高通量实验的成本，所以整套实验成本低、耗时短、不依赖仪器、通量高，在单细胞测序领域有很好的实际应用价值。