本发明公开了基于主动磁轴承控制系统的同频振动力抑制方法及系统，抑制方法包括以下步骤：基于主动磁轴承，获取主动磁轴承的动不平衡矢量和静不平衡矢量，构建主动磁轴承的不平衡矩阵，依据主动磁轴承的电磁力在其工作点处的线性变化，构建主动磁轴承的同频振动力的第一矩阵；通过同步坐标变换的方法，对第一矩阵进行变换，获取第二矩阵；根据第一矩阵、第二矩阵，获取同频振动力的残余的位移刚度力以及位移刚度力对应的补偿电流；基于第二矩阵、补偿电流，对同频振动力进行抑制；抑制系统由第一信号抑制系统、信号同步坐标变换系统、第二信号抑制系统组成；本发明实现磁悬浮转子的稳定运行，提高了高转速下抑制同频振动力的精度，并减少计算量。