本发明公开了一种异构双核PLC协同执行方法，应用编写于上位机编译生成的中间指令送入异构双核PLC进行协同执行，异构双核PLC包括用于实现协同执行的FPGA单元和CPU单元。S1：启动上位机，进行编译获得包括运算指令和操作指令的中间指令。S2：启动并初始化可编程控制器，接收中间指令。S3：依次序读取中间指令，若为运算指令则进入步骤S4，若为操作指令则进入步骤S5。S4：接收运算指令，并使FPGA单元执行相对应的操作，进而进入步骤S6。S5：接收操作指令，并使CPU单元执行相对应的操作，进而进入步骤S6。S6：判断中间指令未读取完毕，则跳转至步骤S3，若读取完毕，则初始化可编程控制器，待接收新的中间指令进入步骤S3。本发明可以显著提高PLC的执行速度并降低成本。