本发明提供了一种加密型数据标注系统及其使用方法，该系统包括数据加密装置、数据查看装置、数据标注装置、数据管理装置；数据加密装置用于对数据拥有者输入的原始数据进行加密，将得到的加密数据文件存放到数据管理装置；数据管理装置用于管理加密数据文件；数据查看装置用于从数据管理装置中请求加密数据文件，经过数据解密后显示原始数据；数据标注装置用于当标注者要对数据进行标注时，从数据查看装置中请求解密后的原始数据，对原始数据标注后生成加密标注记录，并存入数据管理装置；数据加密装置还用于对加密数据文件以及加密标注记录进行匹配对应管理。本发明保证数据在标注过程中的机密性，并且保证标注结果的机密性。