本发明公开了一种移动应急电源的双目标优化调度方法，包括如下步骤：步骤S1、以电力应急系统各个负荷点停电风险之和最小作为目标优化函数，建立选址模型；步骤S2、引入超时惩罚因子对选址模型进行优化；采用Floyd算法求解优化模型；步骤S3、根据负荷的重要性程度计算负荷点的停电损失；步骤S4、以总停电经济损失程度最小和应急电源容量浪费最小为双目标函数建立城市移动应急电源的优化模型。该方案综合考虑电力系统的应急规划、调度与电能恢复问题，使得建立的模型在停电事件发生时能够提供快速、经济合理地处理突发事件的方案，减少停电造成的损失。