本发明公开了一种胶囊内镜图像序列关键帧确定方法及系统，本发明通过对遍历到的当前图像和当前图像的下一帧图像进行镜像处理，根据预设SiameseCF网络模型对处理后的图像对中的每帧图像进行位置匹配，根据获得的位置匹配结果确定图像相似度，在遍历结束时，根据获得的所有图像相似度确定胶囊内镜图像序列中的关键帧图像。本发明通过预设SiameseCF网络模型对镜像处理后的图像对中每帧图像进行位置匹配，从而确定当前图像和当前图像的下一帧图像之间的图像相似度，相较于现有技术通过人工干预筛查选片，导致阅片时间周期长，工作效率低，本发明实现了有效减少阅片时间，提高工作效率。