本发明公开了一种多端柔性直流配电网的分布式区域保护方法及系统，其方法包括：以多端柔性直流配电网中的节点为中心节点，并以所述中心节点的相邻节点为边界节点构建故障判别区域；通过中心节点接收边界节点的节点信息，根据所述中心节点和所述边界节点的节点信息中的过流信号和预设的参考电流方向确定节点类型；基于节点类型判断故障判别区域是否为故障区域，若是，则所述中心节点负责对故障区域的隔离；本发明可以实现对多端柔性直流复杂配电网进行快速准确故障定位和故障点完全隔离，从而提高直流电配电网系统整体用电可靠性。