本发明公开了应用于量子保密通信的备份链路系统，包括控制中心及终端，控制中心与终端通过主链路连接，系统采用点对多点的备份链路网络结构，终端侧部署子节点，多个子节点与汇聚节点进行通信，汇聚节点与控制中心进行通信，且接入方式与主链路不同；系统对主备链路进行动态监测、主备切换及链路告警功能；并对主备通道采用不同的密钥生成及分发机制，生成的量子密钥中包含了用于在主链路中加解密通信数据的第一密钥以及用于在备份链路中加解密通信数据的第二密钥；并在分发时根据主备链路结构的不同进行差异化的加密，最大程度利用主备链路提高通讯质量及安全性。