本发明公开了一种基于云主站的配电自动化终端操作系统的升级方法、装置及系统，所述方法包括接收云主站通过MQTT通信服务发起的远程升级配电自动化终端操作系统命令；基于HTTPS文件服务从云主站下载操作系统升级包；设置Boot升级标志位/备份用户应用软件运行参数并重启；进入RecoveryOS系统后，进行Linux操作系统升级，并恢复应用软件运行参数，并在完成升级后重启；进入正常操作系统运行，同时将升级结果发送至云主站。本发明使得升级后的终端能立刻投入正常工作中，并将此次升级结果通知云主站。