本发明公开了一种红藻硫酸低聚糖及其制备方法与应用，其包括：将红藻粉末、超纯水与果葡糖浆混合，获得预发酵物料；将预发酵物料灭菌后，接入乳杆菌发酵培养6～36h，获得发酵料；将发酵料灭菌后，离心，收集上清液；向上清液加入2～5倍体积的无水乙醇，过程中不断搅拌，静置过夜，离心，收集沉淀；将沉淀冻干后，复溶，上样于DEAE‑52纤维素柱，利用不同浓度NaCl溶液阶段洗脱，收集630nm下吸光度大于0.5的部分，得到红藻硫酸低聚糖。该方法制得的红藻硫酸低聚糖可以稳定肥大细胞形态抑制Ca2+内流，影响肥大细胞的激活，缓解小鼠被动皮肤过敏症状。