本发明公开了一种双层管双梯度钻井隔离液的注入工艺，在建立双梯度压力体系时，钻井液由双层管环空注入，注满双层管后进入套管环空至泥线处；隔水管附属管线从防喷器组附近注隔离液，顶替隔水管环空部分海水，大外环空自上而下由海水、隔离液、钻井液组成；井下水力驱动举升泵调控钻井液至最优位置。开始钻进时，举升泵始终调控隔离液位置以保证井底压力随时处于安全作业窗口内。当井底压力超出隔离液调控范围时更换钻井液体系，新钻井液体系注入后与海水、隔离液组成新的双梯度压力体系，隔离液上下移动调控井底压力。本发明公开的双层管双梯度钻井隔离液的注入工艺实现了隔离液的准确注入，为监测隔离液液位、调控井底压力提供条件。