本公开属于联合优化调度技术领域，提供了一种水冷机组与风冷热泵机组的联合优化调度方法及系统，包括以下步骤：获取环境温度影响参数；根据所获得的环境温度影响参数和聚合层优化调度模型，得到水冷机组与风冷热泵机组的最优调度方案；其中，聚合层优化调度模型环境温度变化最小为目标，构建目标函数，计及空调负荷的电网调度，考虑风冷热泵机组中的压缩机0‑1启停和水冷机组功率上升过程中的爬坡率，控制水冷机组和风冷热泵机组的开启或关闭，实现负荷聚合层的优化调控。