本发明公开了一种氦气中的水痕量检测方法，检测步骤如下，前置处理：包括先使用待测氦气吹扫取样管路，再采用参比气体吹扫进气管路，最后进行投运；其中，前置处理后，取样管路中气体压力设置为1.5‑2.5bar；分析仪中待测氦气压力和参比气体压力保持在1‑2bar，气体流量≤200mL/min；参比气体为含水量低于0.001％的惰性气体；检测：将待测氦气依次通过取样管路和进气管路输送到分析仪中检测即可。本发明还公开了一种氦气中的水痕量检测系统，其适于用前述的氦气中的水痕量检测方法进行氦气中的水痕量检测。本发明在保证氦气中水痕量的测试值准确的前提下，减小了测量氦气中水痕量时氦气的用量，减少了氦气的浪费。