本发明公开了基于重叠信道的无人机通信中传输功率优化方法及系统，属于无人机通信抗干扰技术领域，包括：获取无人机用户的重叠信道分配方案，获取无人机用户使用各重叠信道分配方案时干扰机的干扰功率收敛值，对干扰机的干扰功率收敛值进行筛选得到符合预设要求的初筛重叠信道分配方案；计算无人机用户在使用各初筛重叠信道分配方案时的最优传输功率和通信效用值，从各初筛重叠信道分配方案中无人机用户的通信效用值中筛选出最大值，该最大值对应的初筛重叠信道分配方案为最优重叠信道分配方案，最优重叠信道分配方案对应的无人机用户最优传输功率为最终的优化结果；拓展了抗干扰决策维度，取得更好的抗干扰性能和更高的传输功率。