本发明提供一种高精度步进式电子膨胀阀控制方法和系统，该方法应用于步进式电子膨胀阀驱动电路的主控模块，包括：初始化电子膨胀阀参数；根据电子膨胀阀的当前开度和目标开度计算开度偏差，根据当前时间和上次调阀时间计算当前时间间隔；判断开度偏差小于设定的调节阈值；进一步判断当前时间间隔是否大于或等于微调周期；计算第一平均开度和第二平均开度；分别计算第一平均开度和第二平均开度与目标开度的接近程度并调整电子膨胀阀的开度。本发明能够在驱动电路及电子膨胀阀成本不增加的前提下，提高电子膨胀阀的控制精度。