本发明公开了一种基于机理预测与误差修正的隧道突涌水预测方法及系统，包括：实时收集隧道周围多物理场信息，确定突涌水状态变化趋势；基于有效微震信号进行突涌水灾害位置的预测；根据裂隙岩体裂纹的几何特征及裂纹面上的应力状态，判定岩体在动力扰动和卸荷作用下是否会发生破坏；综合上述信息得到隧道突涌水的初步预测概率；将所述突涌水状变化趋势、突涌水灾害位置以及防突岩体是否发生破坏的数据，以及初步预测概率，作为误差修正模型的输入，得到修正后的隧道突涌水预测概率。本发明通过以神经网络为核心的数据模型进行误差修正，补充了机理模型无法体现的重要影响因素，使隧道突涌水预测更加准确。