本发明涉及电力系统时间同步技术领域，公开了一种配电终端实时时钟同步方法、同步系统及配电终端。本发明的配电终端与服务器进行基于PTP协议的主从时钟对时报文交互，获取对应的时间戳信息，基于系统对称性假设计算时钟偏移和固定偏移，并进一步计算时钟瞬时不对称补偿偏移，通过对所述时钟瞬时不对称补偿偏移进行指数加权移动平均处理，得到当前报文的时钟偏移补偿，通过对得到的时钟偏移、固定偏移和时钟偏移补偿计算总时钟偏移值，再根据所述总时钟偏移值校正配电终端的从时钟与服务器的主时钟同步；本发明提高了基于PTP协议进行对时的精度，解决了配电终端的高精度时钟同步的技术问题。