本发明公开了一种密钥与明文关联的混沌光通信系统加密方法和系统，区别于传统的加密算法，通过将高维混沌系统和DNA编码运算结合，利用哈希函数使得明文和外部密钥相关联，产生内部密钥，增大了密钥空间，触发n维超混沌系统和逻辑映射产生随机序列，有效抵抗已知明文和选择明文攻击，可以较好的抵抗穷举和统计攻击、差分攻击，提高了传输数据的安全性。同时采用动态DNA编码加密，使得加密算法的安全性大大提高，降低了密钥间的相关性，从而增大了密文破解的难度，进一步提高系统的安全性能。