本发明提供一种疏通地下水库进水口采空区淤堵并降低出水盐度的系统，通过采用二氧化碳废气以脉冲方式和连续方式输入地下水库中，不仅实现进水口淤堵区域的疏通，还利于改善地下水库对矿井水的净化能力，降低水库出水盐度。所述系统包括：二氧化碳废气储存单元，所述二氧化碳废气储存单元用于提供二氧化碳废气；废气脉冲输送管道，所述废气脉冲输送管道连接于所述二氧化碳废气储存单元和所述地下水库之间，用于将二氧化碳废气输送至地下水库，所述废气脉冲输送管道的出气端延伸至所述地下水库内且位于所述进水口下方；气动增压泵，所述气动增压泵与所述废气脉冲输送管道连接并能使所述废气脉冲输送管道内的二氧化碳废气以脉冲方式输出。