本发明提供了一种藻类共生菌组合物，包括海洋红酵母、光合菌菌种、海洋硝化细菌与噬弧菌；所述海洋红酵母、光合菌菌种、海洋硝化细菌、噬弧菌的比例为(20～30)g：(100～200)ml：(10～50)g：(1～3)g；所述光合菌菌种的密度为200～500亿个/毫升。与现有技术相比，本发明通过不同的菌组合与藻类共生培养，可避免微藻养殖过程中易老化、腐烂、滋生有害细菌等问题，使得微藻与有益细菌共生培养，进而使藻类生长速度更加迅速、更有活力，提高微藻产能产量。