本发明公开了一种纽扣电池X射线穿透定位检测系统及其检测方法，包括：入料物流线、上料机器人、分度转盘组件、X射线定位组件、旋转调整组件、X射线电池检测组件、下料机器人以及出料物流组件；上料机器人、X射线定位组件、旋转调整组件、X射线电池检测组件、下料机器人、出料物流组件依次环绕所述分度转盘组件设置；在本申请中，通过配置X射线定位组件和旋转调整组件，利用X光管能够穿透纽扣电池钢壳，捕捉到钢壳内部铜极耳的相对位置，再通过旋转调整组件调整纽扣电池的角度，从而避免后续X射线电池检测组件对纽扣电池检测过程中，极耳的位置与X射线的位置成垂直状态，从而规避极耳对卷芯极片的错位检测造成干扰，保证检测结果的准确性。